البته پاپ گرگوری سوم (Pope Gregory III)، کاشیکاری های برنز و طلاکاری شده، سقف معبد را حذف کرده بود و پاپ اوربان هشتم (Pope Urban VIII) به سازندگان تاج محراب قلعه سنت پیتر (St. Peter's) و قلعه سنت آنجلو (Sant'Angelo)، دستور داد که سقف این معبد را هم با برنز مذاب بپوشانند.
مطلب پیشنهادی: معروف ترین دیدنی های ایتالیا را بشناسید
معبد پانتئون بعد از آسیب هایی که در سال 80 میلادی دید، مورد بازسازی قرار گرفت. آجر کاری های این معبد حاکی از مهارت فنی بالای ساختمان سازهای رومی است. گنبد 43 متری معبد پانتئون که نمای داخلی آن به شکل خیلی ظریفی انجام شده، نشانی از تبحر معماری داخلی رومی است.
اولین امپراتور مسیحی، عبادت بت پرستان در این معبد را ممنوع کرد و در سال 609 میلادی، پاپ بونیفیس چهارم (Pope Boniface IV)، معبد پانتئون را وقف شهدای مسیحی کرد. از آن زمان به بعد این مکان به محل دفن پادشاهان ایتالیایی و دیگر ایتالیایی های معروف از جمله رافائل (Raphael) نقاش معروف، اختصاص داده شد.
